こちら共有いただきありがとうございます。
私の方で計算してみたところ、これは仕様どおりで正しい内容だと思います。
商品 32000 円が10%税込表示の設定ですので、その税抜き価格は、 32000 / 1.1 = 29090.909090909090909 Shopifyは初めの方の議論のように、各品目ごとに四捨五入で税計算しますので、この場合、29091 円が商品単体位価格となり、税額は、32000 - 29091 = 2909 円となります。
商品 35000円も同様に計算すると、35000 / 1.1 = 31818.181818181818182 で、税抜き価格はは31818円となり、 税額は、35000 - 31818 = 3182 円となります。
よって、CT 10% の部分に表示されるべき額は、 2909 + 3182 = 6091 円で、画面のものと一致します。