追加でShopifyのサポートへ問い合わを行い返答がありましたので念のため共有をさせて頂きます。
下記Shopifyのサポート返答内容一部抜粋です。
通貨両替手数料が発生いたします場合、Shopifyが事業者様から徴収をしておりますが、手動で両替手数料を設定されていない限りは自動でお客様がお支払いされる金額に上乗せされております。その為、お客様からお支払いいただいた手数料を事業者様がShopifyへお支払いしている流れとなっております。
なお、手動の両替手数料はプレミアムプラン以上のストアで設定が可能でございます。](Shopifyの料金プラン – 各プランの詳細情報と比較 - 無料体験 - Shopify 日本)以上のストアで設定が可能でございます。)