確認いただきありがとうございます。
となりますと、マニュアルにあるマイナス在庫の原因となりそうな設定(Shopify POSを利用されてるなら別ですが)はされていないようですね。
動作として気になるのは、カゴ内でも商品詳細ページでも、そもそも在庫がないと購入できない状態となるため、在庫が0以下の時にどうなっているのかが気になりました。
- 在庫0でも、チェックアウトボタンが押せてカゴに入る
- 在庫0でも、カゴの中の商品が売り切れにならない
上記のような状態なら、やはり売り切れ時にどうするかの設定が効いていないということなりそうです。
こちらの設定と違うことがあるとすれば、SKUの有無が考えられます。
ただ、SKUがなくても在庫追跡はできるようなので関係なさそうですね…。
あとは Variant Inventory Tracker ですが、ここは管理画面から商品を登録した場合は自動で Shopify が設定されるようですし。
参考: https://help.shopify.com/ja/manual/products/import-export/using-csv
お役に立てず申し訳ありません。