Privare appかcustom appでマスターデータを参照するプログラムを作って、会員登録画面にJavaScriptを挿入して、入力されたコードをinputにしてそのプログラムのサーバーにアクセスして存在しなければエラーを出す（よくある、利用可能なIDチェックのような仕組み）という処理を入れることで可能かと思います。
普通にウェブページから、外部サイトにJSでhttpアクセスすると、cross-origin の制約に引っかかりますので、上記サーバーをショップのドメイン配下に置くか、パートナーダッシュボードから作れるcustom appでapp proxyを使うか、サーバー側にCORS対応を施すことになるかと思います。