以下の回答は、
ざっくりした説明になるため、語弊や言い過ぎな部分もありますので、
あくまで考え方の理解にお役立ていただくくらいにお留めください。
オリジナルでサイトをつくれると聞いてますがどこまでカスタマイズ可能でしょうか？
Shopifyをヘッドレスとして利用し、
ストアフロントを別途構築する場合のお話、
という理解で回答いたします。
念のため、
「Shopifyをヘッドレストして利用」がどういうことか、
ニュアンスを無視してざっくり説明しますと、
通常、Shopifyのストア管理画面とShopifyのストアフロントはくっついていますが、
それらを別々に管理する構成をヘッドレスと言います。
つまり、
お客様がアクセスするサイト(ストアフロント)は例えば自前のサーバにおいて、
Shopifyのストア管理画面は通常通りShopifyにアクセスして使用する、
ような構成になります。
詳細はこちらを確認されると良いかもしれません。
https://www.shopify.com/jp/blog/headless-commerce
さて、
どこまでカスタマイズ可能かですが、
チェックアウトページ以外のページは全て、0から構築できます。
ShopifyのAPIを利用して構築していくため、
APIの仕様による制限はあるかもしれませんが、
それを除けばどこまでもカスタマイズ可能なのがヘッドレスという構成です。
ヘッドレスであっても、
チェックアウトページは、
Shopifyが用意しているものを使用することになります。
チェックアウトページのカスタマイズについては、
Shopify Plusを契約しているかどうかによって、
どこまでカスタマイズできるかが決まってきます。
ご参考まで。
(キュー田辺)