いや、何もやっていないです・・ ただ、Supplyをインストールして当てただけです。
商品は、Osamuさんがおっしゃっているように、単純にバリエーション管理しているだけです。
試しに別の商品でも確認しましたが、サイズ、形、色を変えると値段も変わりますね。（下記の画像を参照）
https://junichiokamurasp.myshopify.com/products/product-22
Infnite Optionのアプリを削除して、もう一度Supplyをインストールし直してみてはどうですか？
アプリのコードが何か影響を与えているかもしれません。
