はじめまして。
株式会社ファイブビットの福水と申します。
少し荒削りな情報ではありますが、質問者様が提示いただいた代行会社以外にも、Shopifyでは下記のクレジットカード代行会社が使えます。
- GMOペイメントゲートウェイ
- Smartpay
- 2Checkout
参考URL
https://www.shopify.com/jp/payment-gateways
もしくは、日本法人の口座で受け取り設定するか(韓国本社への送金が面倒そうですが)、質問者様がおっしゃられる通り、本国の韓国でShopifyを立ち上げて、越境という形で日本へ販売する方法も現実的かと思われます。