マーケット別にその国で表示される支払い方法を指定することは可能でしょうか？
それとも管理画面上で設定した決済方法がどのマーケット国でも一律で表示されてしまう形でしょうか？
特に情報をもっていませんが以下のようヘルプがあるので確認ください。
https://help.shopify.com/ja/manual/markets/payments#local-payment-methods
https://help.shopify.com/ja/manual/payments/shopify-payments/local-payment-methods
情報が不足する場合は上記内の情報を手がかりに調査を進めたり、このまま待たれるかShopifyのサポートに質問されることをお勧めします。