Layout / theme.liquid は、決済ページ以外の全てに共通して使うものになります。
この中に {{ content_for_layout }} というタグがありますが、ここに様々なページのTemplatesが読み込まれます。
トップページであれば、Templates / index.liquid 、
商品ページであれば、Templates / product.liquid、
ブログページであれば、Templates / blog.liquid 等となります。
例えばDebutテーマであれば、index.liquidの中に {{ content_for_index }} というタグがありますが、
静的ページにしたいのであれば、こちらは削除して構いません。