チェックアウトページのサムネイル画像を非表示または任意の画像に変更したい

はい、そうなります。以下のSDKのページでUse Caseが確認できるかと思います。

https://shopify.github.io/js-buy-sdk/

こちらで回答したのですが、

https://community.shopify.com/post/1050273

商品マスターを使わず、全部カスタム商品で都度登録して、かつ在庫と価格は常に0というのがShopifyの発想からかけ離れてるので、例えば運用が始まった後の売上分析や、他の広告出稿連携など、リリース後の運用に破綻をもたらすのではと懸念しております。

オンラインスクールなどの無形商材の予約販売は、事例としていくつもありアプリもたくさんあるので、まずはノーマルなアプローチをご検討されるのが良いかと思います。