Shopify Flowに以下のようにトリガーやアクションが用意されているため、これらを使用なり併用なりすれば対応できるのではと思います。
https://help.shopify.com/ja/manual/shopify-flow/advanced-workflows
https://help.shopify.com/ja/en/manual/shopify-flow/reference/actions/remove-product-from-collections
以上ですが、試作調査は行っていませんので実現できない場合は申し訳ありません。
他方、以下のように時間指定でデータを操作できるアプリを使うことも検討できると思います。
Matrixify