はじめまして
株式会社Tsunの吉谷と申します。
>特定の商品にのみ購入数の制限をかけたいです。
>また、その商品はバリエーションが存在しており、全バリエーションで５つまで、という制限をつけたいです。
弊社アプリで恐縮ですが、「RuffRuff 注文制限」を利用することで実現できるかと存じます。
実際に似たような設定を行っているデモ商品もありますので、ご参考にしてください。
設定方法は以下のヘルプページが参考になるかと存じます。
商品全体で5個以下まで個数制限｜RuffRuff 注文制限 ヘルプセンター
以上になります。
ご参考になりましたら幸いです。