こんにちは。
実際にお手元でフローを作成して試していただきたく思いますが、ご要望どおりに組むとおおよそこのようなフローになるのではないか、と考えております。
・トリガーにはOrder paidを指定し、注文が支払い状態になったときに発火させる
・条件の変数としてOrder → paymentGatewayNamesを指定して、「次のものを含む」で「manual」と設定（これで銀行振込のとき、という条件になる想定）
・最後に Shopify Email のアクションを指定する
ただ、こちら懸念として、最後のShopify EmailのSend Marketing Emailアクションは、メール購読をしている顧客しか対象にできないのではないか、と見ています。その前提が問題なければ、こちらでいけるかもしれません。ご参考になれば幸いです。