こんにちは。
・利用しているテーマの設定
・利用テーマ内のコード
・商品ごとの「商品価格に税を適用する」チェック
このあたりの設定の問題かなと思います。
利用されているテーマ等が分かればもう少し詳しい事が分かるかと思います。