開発ストアはずっと無料なので、一緒に開発ストアから確認して頂くという流れですね。
おっしゃる通りです。ある程度開発してクライアント確認開始可能な状態になったら、スタッフを追加して招待するのが良いかと思われます。
また、有料アプリを入れて確認したい場合は、そのタイミングで所有権を移行> > →クライアント様にお支払いをして頂く、ということですね。
はい、開発ストアでできないことは以下のようなものになります。
https://www.shopify.jp/blog/partner-development-stores より
有料アプリのインストール（パートナーフレンドリーアプリは除く）。> 50件を超える注文処理（テスト注文は制限なく作成することは可能ですが）。この50件はテスト目的のものとなります。> 10個以上のプライベートアプリの構築。
また、テストモードが用意されていない決済のテストも、開発ストアではテストできませんので、お支払い後に可能となります。