複数の配送先を指定するappはあるのですが、以前試したところ、配送先ごとに決済を回数分することが必要でCVRに大きな影響をすることが考えられます。
Shopify appでsplit orderと検索して出るappを検証されるのが良いかと思います。
1回の決済で複数注文を分ける場合はPlusプランでカート画面の改修が必要です。
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