勝手に価格が変わっている

自己解決しました。

もし同じ現象が起きた人のために、恐らく解決に結びついた方法を残しておきます。

・配送プロファイルを更新

プロファイルに一度変更を加えて保存し、再び戻して更新しました。謎の値引き額はコレクション毎に一貫性がなかったのですが、税率関係でのエラーが関わっているのかなと。

何故だかは分かりませんが解決しました。