ディスカウントが併用できないのは、Shopifyの仕様によるものなので、アプリでも解決できないと思います。
また、自動ディスカウントは条件が満たされれば文字通り自動で適用されるので、自動ディスカウントとクーポンで、割引率が高い方を適用するという使い方もできません。
割引率に関わらず、自動ディスカウントの適用が優先されます。
対策としては、ギフトカードの活用が考えられます。ギフトカードはディスカウントという扱いではないため、自動ディスカウントと併用することができます(クーポンコードとも併用できます)。そのため、ギフトカードを無料で配布すれば、定額クーポンと自動ディスカウントを併用しているかのような状態は作れると思います。