kakuma-fbl さん
ご回答ありがとうございます。（別スレでのご回答もありがとうございました）
チェックアウトの対象はdraftOrderで作成したLineItemが前提（記載が漏れておりすみません）のため、Shopifyの在庫追跡機能は使えない状態です。
在庫管理は外部システムでおこなうため、ユーザーがチェックアウトを開始してからチェックアウトを完了するまでの期間、外部システムでは一時的に在庫を確保しておき、一定期間経過してもチェックアウトが完了しない場合には外部システムが確保していた在庫をリリースするような仕組みを検討しています。
セッションタイムアウトではなくても何かしら一定の条件でチェックアウトを無効化することができれば良いのですが方法が見つからず。