Como tal no hay un apartado donde edites la estructura de las urls, la de las colecciones y productos ya vienen predeterminadas. También las páginas de blog, carrito y otras, puedes editar la terminación, pero no la estructura.
Sin embargo si estás migrando un sitio de WP a Shopify deberás tener una estrategia de redireccionamiento 301. Lo puedes hacer muy general o url por url. Te recomiendo que lo hagas con las páginas que son más visitadas y que las demás las mandes al /colecction/all.
En el Administrador > Navegación > encontrarás Redireccionamientos de URL, ahí puedes poner las urls de origen y enlazarlas a la del destino.
Si se verá afectado, la nueva tienda mandará la nueva indexación a google y empezará en nuevo ranking, pero tranquilo, estarás ganando otras cosas que tienen que ver con SEO, como velocidad, responsividad, estructura de palabras claves, optimización de imágenes y un largo etc.
Por si fuera poco, estarás ganando otros muchos elementos para otras estrategias como social commmerce, email marketing, seguridad en el checkout y más. Es normal que extrañes algunas cosas de WP, pero tendrás muchas nuevas funciones y oportunidades con Shopify.