In welchem Theme und Shop ist dein neuer Screenshot gemacht worden? Kannst du die Shopseite hier dazu verlinken, vielleicht als Preview Link?
Und kannst du das gleiche Problem im Debut Theme in deinem Shop testen? Da wird man bei Schwarz und XL sowie Sky-Blue und XXL eine “Nicht verfügbar” Meldung bekommen da diese Varianten, wie gesagt, nicht existieren, sprich, “Geister Varianten” sind.
Ein Workaround wäre es Schwarz/XXL und Sky-Blue/XL als separate Produkte einzupflegen im Produktstamm, da wie du selber sagst, das Produkt gibt es ja nur in Schwarz XXL und in Skyblue XL. Das erwartete Systemverhalten der Themes ist es Schwarz auch mit XL sowie Sky-Blue auch mit XXL zu verknüpfen was aber nicht sein soll.