Olá @LuanCasanova!
Fico feliz em ajudar com essa questão! Entendi que você tem uma loja física e pretende vender um produto digital/ serviço, que será entregue por e-mail, certo? Ou seja, o cliente irá pagar pelo produto na loja física, mas irá adquirir acesso ao produto digital por e-mail, é isso mesmo?
O QR code que você deseja compartilhar com o seu cliente é para baixar algum arquivo? Ou é um QR com desconto? Você está usando o Shopify PDV na sua loja virtual?
Pergunto isso, para entender melhor o tipo de produto digital que você deseja vender. E saber exatamente qual é o sistema que você está usando.
Se for um produto digital que o cliente precisará baixar um arquivo, você pode usar o app da Shopify Digital Downloads. Este app é gratuito e desenvolvido pela Shopify e com ele você poderá entregar o produto/ serviço digital por e-mail.
Basicamente com este app, você poderá adicionar um arquivo ao produto e, assim que o cliente fazer o pagamento, ele receberá um e-mail automaticamente com o link de download. Confira as instruções para configuração aqui: Digital Downloads.
Neste caso há duas opções: cliente poderá pagar online ou na loja física.
1 - Pagando online:
O cliente poderá efetuar o pagamento online, por exemplo: você irá gerar um QR code e disponibilizar o código na loja física para o cliente pagar pelo produto online. Poderá imprimir o QR code e criar uma exibição de produto visualmente atraente em sua loja física. Você pode colocar o QR code em uma placa ou adesivo próximo ao produto.
O QR code fornecerá um URL exclusivo para o cliente acessar o produto digital na sua loja online e assim ele poderá prosseguir com a compra. Dessa forma, ao efetuar o pagamento ele receberá o arquivo no e-mail.
2 - Pagando na loja física:
Se realmente quiser vender o produto digital na loja física e receber o pagamento na loja física, a opção seria utilizar o Shopify PDV para receber o pagamento na loja física e ao criar o pedido, basta adicionar os dados do cliente > selecionar o produto digital > e assim ele irá receber o e-mail com o código/ arquivo para ser baixado.
Lembrando que para isso funcionar automaticamente você precisará adicionar o cliente primeiro antes de finalizar a compra do pedido. Caso contrário, precisará acessar o pedido recém-criado no seu admin e solicitar manualmente para enviar e-mail com o anexo ao cliente. Explicamos como reenviar um link de download aqui.
Outra alternativa, seria imprimir o QR code em um cartão e assim que o cliente efetuar a compra na sua loja física você entregar o cartãozinho com o código para baixar o arquivo.
Verifique essas opções e caso não for exatamente isso que você esteja buscando, compartilhe mais detalhes e um exemplo para eu entender isso melhor. Fico feliz em continuar ajudando! 
