Hola, Christian.
Si pudieras compartir una captura de pantalla del problema estaría excelente, solo para confirmar que estoy entendiendo tu problemática.
De igual forma te describo la solución:
En la parte donde editabas el tema, da clic en la parte superior y ve a la sección que dice Páginas y después en + Crear plantilla. Ahí podrás nombrar a la plantilla que utilizarás para una de las secciones que necesitas, ya ahí podrás diseñar esa página.
Después en administrador de tu tienda, ve a la sección Tienda online > Páginas y ahí selecciona la página que hayas creado, de lado derecho en el apartado Tienda online > Plantilla de tema selecciona la plantilla que hayas creado para esa página.
De esta forma podrás crear distinas páginas y podrás editarlas sin que las demás se editen a la par.
Espero haberte ayudado. Sigo al pendiente.
Saludos!