公式な記載はありませんが、JSONのデータのgroupのIDは、Admin GraphQLでかえってきているIDの値と異なっており、これは、Admin APIの仕様ではなくて、Storefront APIの仕様に準拠していると見えます。
https://shopify.dev/docs/api/storefront/unstable/objects/SellingPlanGroup
Strorefront APIで、product > SellingPlanGroupを参照すると、IDはレスポンスに含まれないため、同一名称はマージされるものと思います。