Derzeit gibt es nicht wirklich eine Möglichkeit, bestimmte Zahlungsgateways nur bestimmten Kundengruppen beim Kauf zur Verfügung zu stellen.
Ich habe in unseren englischsprachigen Foren Vorschläge gesehen dies umzusetzen, diese sind von Shopify jedoch nicht unterstützt und ich würde Ihnen davon abraten diese zu implementieren. Der Sicherheit Ihres Check-outs zuliebe.