特定の商品だけ商品一覧などフロント画面に表示させずに、その商品のURLを直接叩いた時のみ購入が可能にすることは可能でしょうか?
商品一覧をどのようにして表示させているのかで変わってくると思います。
コレクションで表示させている(あるいはコレクションに差し替えることができる)なら、以下の簡単な方法が使えるかもしれません。
https://help.shopify.com/ja/manual/products/collections/automated-collections/auto-select
他には、liquidテンプレートに products のループ内で tag を用いて除外する方法も考えられます。
ご質問の意図が「特定のユーザーにのみ表示させる商品を設定したい」ということでしたら、以下が参考になるかもしれません(未検証)。
上記のいずれも質問の意図を取り違えていましたらすみません。