En realidad el IVA se aplica al importe total, es decir, % sobre la venta + importe fijo. En este enlace puedes ver un ejemplo.
También ten en cuenta que se cobra el 23% VAT, ya que Shopify Payments España es ofrecido por una entidad en Irlanda; no obstante, puedes recuperar este importe a través de la gestión correspondiente con Hacienda
Efectivamente, los cargos respectivos apareceran en tu factura de Shopify junto con la suscripción (vienen desglosados, por lo que puedes ver qué importe corresponde a cada cosa). Recuerda que siempre puedes ver tus facturas y sus desgloses en tu admin (Configuración > Facturación > Click sobre la factura correspondiente).
Cualquier otra duda, estamos en soporte@shopify.com. Espero que esta respuesta te haya sido de utilidad.
En mis facturas solo aparece el cargo mensual y no las comisiones por cada transacción. Lo necesito para declararlo en hacienda. ¿Dónde puedo encontrar esas facturas?