Olá @fmvieira ,
Entendi que você está tendo problemas com o seu checkout do Mercado Pago. Sei como isso pode impactar a sua loja e vou fazer o possível para te ajudar hoje.
Apenas para poder te ajudar melhor, você sempre notou esse erro ou o erro começou após a instalação do próprio Mercado Pago?
Como você está usando um gateway de pagamento de terceiros, que é Mercado Pago, será melhor se você entrar em contato com o suporte do mercado pago sobre isso, porque eles conhecem melhor as suas regras e modo de uso, mas minha ajuda não termina por aqui, ainda tentarei te ajudar 
Por favor tente seguir os passos abaixo:
Etapa 1. Certifique-se de que as informações da sua conta estejam corretas, porque esta é uma das possibilidades de que você esteja tendo um erro quando se trata de checkout, mas será melhor entrar em contato com o mercado pago sobre isso para confirmar que as informações da conta estão corretas, como o ID do cliente e o cliente secreto. Para mais informações, verifique este documento do Mercado Pago:
Etapa 2. Por favor, verifique suas credenciais no seu painel de controle do Mercado Pago ou na conta do Mercado Pago acessando seu negócio > Configurações > Gerenciamento e administração > Credenciais.
Etapa 3. Depois que as credenciais (ID do cliente e secreto do cliente) forem confirmadas, copie e insira essas informações em suas configurações de admin da Shopify > Pagamentos > Mercado pago > Gerenciar. Isso é muito essencial para que você aceite pagamentos através do mercado pago. Para sua conveniência, anexei o link de suporte deles aqui.
Além disso, como você ja está no processo de vendas com o Mercado Pago, gostaria de compartilhar alguns links que podem ser bastante úteis para o seu negócio. Dê uma olhada quando você tiver um tempinho:
Acredito que seja isso, mas por favor caso tenha ficado alguma dúvida estarei à disposição!
Até mais!