Hola!
Trabajo en una agencia Shopify Expert y Shopify Partner llamada 58 Clicks y vivo en Venezuela. Lo que hemos hecho es conectar Paypal y métodos de pago manuales. Puedes ver un ejemplo en el checkout de Madison Center.
Tú cómo lograste resolver?
Cuál es el url de tu tienda para echarle un vistazo?
Ahora estoy investigando si hay alguna manera de que podamos agregar en el post purchase page un link para que el cliente pueda agregar el número de referencia y el screenshot de su pago. Quizás con algún app de post purchase survey lo logre.
Saludos!