質問者の佐藤さんとは同僚ですが、引っかかる方が多そうなのでここで回答します 
正しく抽出するためには、日時部分にクオートが必要です。例えば、“created_at:>‘2021-10-04T05:00:00Z’” のような指定をすれば、5時以降のものが正しく抽出されます。
日時部分をクオートせずに “created_at:>2021-10-04T05:00:00Z” のように指定すると、質問のとおり0時として扱われてしまうようです。
詳しい説明はありませんが、ドキュメントにも一応「Date value はクオートしろ」と書かれています。
Any name, or any quoted string (single or double quotes are both permitted). Date values must be a string surrounded by quotes.
「:」が特殊文字扱いになっている関係かもしれません。