ご投稿いただきありがとうございます。
仰いますようにShopify既存の機能では、一般プロファイルに含まれている商品とカスタムプロファイルに含まれている商品を同時に購入すると商品が当てはまるそれぞれの配送料が合算され一つの配送料として表示されます。こちらに関しては、弊社のヘルプページに詳細が記載されております。
それぞれのプロファイルで送料無料や配送料金を設定されたい場合は、外部アプリを使用してこちらを実装できる可能性がございます。配送設定に関するアプリをご紹介させていただきますので、ご参考ください。
なお、外部アプリは弊社開発ではなく、各アプリ開発元が運営・管理をしておりますので弊社でも機能性の詳細などを把握しておりません。まずは、各アプリのアプリストアのページにて機能説明をご確認ください。
詳細な機能については実際にご利用いただくことを推奨しておりますので、1−2つほどご興味のあるアプリをご選択のうえ、無料トライアルにて仕様や動作確認をして頂ければと存じます。
実際にアプリをご利用いただく中でご質問等出てくるかと存じますが、その場合はアプリストアに記載されているお問合せ先へ直接お問い合わせいただくようお願いいたします。
また、ストアに現在設定されている配送料を細かく拝見できると、より適切な回答ができるかと存じますので、一度弊社サポートへもお問い合わせいただけますと幸いです。