商品ページで、
・箱（有料）アリ・ナシ
・包装（無料）アリ・ナシ
を選べるようにしたいのですが、どの様な方法がありますでしょうか？
在庫数は商品数量のみの扱いにしたく、箱・包装ともあくまでオプションなので在庫数量関係なく販売を行いたいです。
Topic summary
商品ページで「箱（有料）あり/なし」「包装（無料）あり/なし」を購入時に選択できるようにしたい、という相談。箱・包装は在庫連動させず、商品本体の数量のみで在庫管理したい意向が示されている。
対応案として、ギフト包装向けのShopifyアプリ（例：Wrapin Gift Wrap）の利用が提案され、要件に合う可能性があるとされている。また、独自開発も可能だが、自力で難しい場合はShopifyエキスパートやパートナーへの依頼が勧められている。
現時点では具体的な実装方法の確定や結論は出ておらず、アプリ検討または開発依頼の方向性が提示された段階。
使用経験はありませんが、以下のようなギフト用のアプリを探されるとご希望に沿うのではと思います。
https://apps.shopify.com/wrapin-gift-wrap
独自開発も可能だと思いますが、この場合は自力が無理ならエキスパートやパートナーに依頼されることをお勧めします。