テーマのバックアップを取るため管理画面から複製をすると、複製したテーマのみ読み込まれないCSSファイルがあります。
custom.cssなどと後から追加したCSSのみ読み込まれていません。
使用テーマはImpulseでassetsフォルダ内にcustom.cssを置いてtheme.liquidで読み込んでいます。
何かご存知でしたら教えていただければと思います
状況的にご自身で調査いただく必要があるかなと思いますので、ソースなどを確認したり問題を再現できる方法を探すなどの一般的な調査の実行をお勧めします。
他方解決できる可能性は低いとは思いますが、テーマ開発者に質問したり、多少近い内容の以下のような類似情報を探すこともお勧めします。