Buenas, @TLBX !
Soy Víctor, encantado.
El problema que comentas es porque estáis utilizando, muy probablemente, descuentos de carrito, y hay diversos casos en los que puede ocurrir lo que os está pasando a vosotros.
Nosotros, con nuestros clientes, lo estamos solventando de otra forma:
En vez de realizar un descuento en carrito sobre cada uno de los productos o sobre el total, hacemos un cambio de precio anterior, es decir, en la página de producto.
De esta forma NUNCA fallará, ya que el funcionamiento es cambiar el precio real del producto y añadir o hacer visible el precio comparado (precio tachado/anterior) para que se refleje de forma directa el descuento en toda la tienda.
Con esto, podéis seguir combinando otro tipo de descuentos de carrito (envío gratuito, compra X y llévate Y, 2x1, volume discounts, etc) y NUNCA fallará, ya que estáis haciendo un cambio de precio con descuento, y podemos programarlo de forma temporal, hasta fin de existencias o incluso según condiciones (stock, numero de ventas, dias sin venderse, etc).
También podemos hacerlo no solo con % de descuento si no con descuento en € o incluso cambio de precio a precio fijo y, por supuesto, se puede hacer a un conjunto de productos, filtrados manualmente, a toda la tienda o de forma automática por filtros (según categoria, tag, stock, etc).
Si os interesa echarle un ojo, somos una app nativa en español, contamos con 14 días de prueba gratuita y vamos a lanzar un plan totalmente gratuito la próxima semana. Te dejo el link por aquí: https://apps.shopify.com/planet-dataset
Un abrazo, y quedamos a vuestra disposición para lo que necesitéis.