Fico feliz em ajudá-lo com essa questão. Pela sua explicação eu entendo que alguns produtos apresentam os preços corretamente e outros não. Quando você analisa os preços na loja virtual como que está a configuração dos preços no admin na página do produto? A inexistência do preço está aparecendo só na loja virtual?
Se estiver apenas na loja virtual, isso significa que é o tema ativo que está apresentando esses problemas. Geralmente quando há problemas no comportamento do tema, isso é referente à conflitos na codificação. Isso pode estar relacionado a algum script adicionado por apps que estão ativos ou que já foram desinstalados ou alguma customização implementada manualmente no código fonte do tema.
Para certificar se isso é um problema do tema ativo, por favor, siga os passos abaixo para fazer um teste:
Vá em Loja Virtual> Biblioteca de temas
Selecione um dos temas> Clique em adicionar à biblioteca de temas
Assim que for adicionado, clique em Ações> Pré-visualizar
Verifique se o problema reportado dos preços também persiste nessa nova versão. Após testar, se os produtos estiverem apresentando o preço normalmente nessa versão do tema, isso significa que o problema está no seu tema ativo.
Além de seguir os passos acima, considere essas perguntas para identificar se foi alguma customização implementada por apps ou se foi algo implementado manualmente.
Quando foi a primeira vez que notou esse problema?
O problema apareceu após instalar ou desinstalar algum aplicativo?
Chegou a fazer alterações no código do tema?
Se descobrir que foi um aplicativo, poderá buscar ajuda com o desenvolvedor do app diretamente e solicitar que analisem a sua loja e solucione essa questão. Se for relacionado a alterações manuais no tema, precisará identificar quais foram as customizações e poderá reverter a alteração em um arquivo para uma versão mais antiga como explicado nesse documento.
Se após esses passos ainda não conseguir resolver, me avise informando todos os detalhes solicitados acima. Poderemos analisar isso mais a fundo.