Hey @basti_1
Ja, ob falsch verstanden oder nicht, es ist trotzdem so wie ich es gesagt habe dass die Rechnung nicht steuerpflichtig ist. Dein Steuerberater wäre hier der beste Ansprechpartner, da ich ja keiner bin, und du auch nicht, so wie ich es vermute… Ansonsten wären ja 100k Shops in Deutschland nicht Finanz-konform was ich nicht glaube…
Da Shopify dir keine Mehrwertsteuer auf der Rechnung berechnet, musst du als Unternehmer die Umsatzsteuer selbstständig in deiner Steuererklärung angeben, oder das zusammen mit deinem Steuerberater oder Buchhaltungssystem lösen. Shopify wird hier m.E. die Rechnung nicht ändern, aber du kannst ja trotzdem billing@shopify.com abschreiben, wie ich es oben bereits vorgeschlagen habe. Ich glaube nicht, wie gesagt, dass Shopify deine eigene USt-ID, in der Rechnung einsetzen wird. Aber man weiss ja nie… 
In deiner Rechnung für die Shopify Payments Gebühren sollte aber deine USt.ID.Nr. enthalten sein falls dir das weiterhilft, wie in diesem Beispiel:
Beim Reverse-Charge-Verfahren wird die Mehrwertsteuerlast vom Leistungserbringer (hier Shopify) auf den Leistungsempfänger (dich) übertragen. Das bedeutet, dass du die Umsatzsteuer selber berechnen und in deiner Umsatzsteuervoranmeldung an das Finanzamt abführen musst. Die monatliche Rechnung von Shopify enthält keine Umsatzsteuer, sondern weist darauf hin, dass das Reverse-Charge-Verfahren angewendet wird. Die Shopify Payments Rechnung enthält dagegen Gebühren und da sollte, wie gesagt, deine USt.ID. enthalten sein, da diese Gebühren für die Abwicklung von Zahlungen zwischen deinem Unternehmen und Shopify anfallen und ebenfalls dem Reverse-Charge-Verfahren unterliegen.
Nicht jede Rechnung muss zwingend die USt-ID des Leistungsempfängers enthalten, um als gültig im Rahmen des Reverse-Charge-Verfahrens anerkannt zu werden. Solange der Hinweis auf das Reverse-Charge-Verfahren klar auf der Rechnung angegeben ist und die USt-ID des Leistungserbringers korrekt ist, ist die Rechnung konform. Der Leistungsempfänger ist somit selbst verpflichtet, das Reverse-Charge-Verfahren korrekt in seiner Buchhaltung anzuwenden. Eine Korrektur der Rechnung ist nur in spezifischen Fällen zwingend notwendig, beispielsweise wenn die fehlenden Angaben zu einer Missinterpretation der steuerlichen Verantwortung führen könnten, was hier ja nicht vorliegt.
Viele Unternehmen in der EU haben sich an die Praxis gewöhnt, dass Rechnungen im Rahmen des Reverse-Charge-Verfahrens nicht immer die USt-ID des Empfängers enthalten. Solange der Leistungszeitraum und der Umsatz steuerlich korrekt erfasst werden und der Empfänger die nötigen Schritte in seiner Buchhaltung unternimmt, werden solche Rechnungen von den meisten Finanzbehörden anerkannt.
Obwohl es wünschenswert ist, dass die USt-ID auf allen Rechnungen erscheint, bedeutet dies nicht automatisch, dass eine Rechnung ohne USt-ID rechtlich nicht konform ist. Insbesondere bei Rechnungen, die über Shopify abgewickelt werden und die Dienstleistungskosten betreffen, liegt die Verantwortung für die korrekte Anwendung des Reverse-Charge-Verfahrens oft beim Empfänger, sodass eine fehlende USt-ID auf der Rechnung nicht zwangsläufig einen Mangel darstellt.
Hoffe das hilft dir weiter!
Auf der anderen Seite scheint es mir ja so, dass in der Shopify-Payments-Rechnung wiederum die USt-ID von Shopify (Leistungserbringer) fehlt.