１つのShopifyアカウントで複数ブランド（３～５）のショップを展開しようと考えております。
またその際にテーマをブランドごとに変更したいと考えているのですが、1つのテーマを軸にブランド毎にテーマを変更することは可能なのでしょうか？
１つのショップに同時に使えるテーマは１つです。
「テーマを変更」の意味によると思いますが、テーマのデザインなどを商品やコレクションによって切り替える（HTMLやCSSを変える）ことはコード編集でLiquidを使うことで可能です。
実際に我々も同じ方法で
ブランドごとのコレクションページをトップページのように変更(liquidでテンプレートを複数作る)してサイトを表現しています。
同じように商品ページのテンプレートも複数作成することができるので世界観に合わせた表現が可能です。
コーディングの知識は必要になります。