表題の件でご教示いただければと思います。
１つの商品に名入れなどのオプションが選択できる仕様にしています。
名入れする場合、金額がプラスされるのでオプションのバリエーションで設定しています。
例：刺繍あり1500円・刺繍なし1000円
ここで問題になっているのがバリエーションを使うとそれぞれに在庫カウントが分かれてしまい、正確な在庫が管理できなくなります。
あくまで刺繍は大元の商品に加えるサービスなので在庫は１種類で管理したいという希望でございます。
なにか方法はありますでしょうか？
一案ですが、商品のバリエーションは1パターンのままで、
別途、刺繍オプションを商品として登録し、商品ページで有料オプションとして選択可能にする方法があります。
下記のようなアプリで有料オプションの実装ができますので、一度お目通しいただけますと幸いです。
https://apps.shopify.com/custom-options?locale=ja