Shopify自体には、自動返信はありません。
Shopify自体からのメールを外部でコントロールはできないので、アプリを使って、アプリ側のメール機能を使うことになるかと思います。
https://apps.shopify.com/contact-us-by-hulkapps?locale=ja&surface_detail=form%20automatic%20reply&surface_inter_position=1&surface_intra_position=4&surface_type=search