商品詳細のディレクトリーは基本（ドメイン/products/独自ファイル名）となるようなのですが、コレクションのディレクトリーに含めるにはどうすれば良いでしょうか？
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商品詳細ページのURL構造をコレクション配下にできるか、という点が主題です。結論として、商品ページの基本URLは「ドメイン/products/独自ファイル名」で固定されており、任意に変更することはできないと説明されています。
一方で、Shopifyの仕様上、ユーザーがトップページやコレクションページを経由して商品ページへ移動した場合は、「ドメイン/collections/コレクション名/products/独自ファイル名」というURLが自動生成されます。商品が複数コレクションに属している場合は、経由した別のコレクション名がURLに入ることもあります。
SEO面では、canonicalタグ（正規URLを検索エンジンに示すタグ）が実装されているため、これらは重複URLとして問題にならないとされています。実質的な回答は「固定変更は不可だが、遷移経路によってコレクションを含むURLは表示される」で、質問自体にはほぼ解決が示されています。
デフォルトのディレクトリは
“ドメイン/products/独自ファイル名”
で変更は不可能です。
ただShopifyの仕様としてTOP>Collection>商品ページに遷移するとURLが
“ドメイン/collections/コレクション名/products/独自ファイル名”
と自動でURLが生成されます。コレクションを複数登録している場合も別のコレクション名がURLに入ります。
※canonicalタグが実装されているので重複URL認定はされません。