産地直送ECで求められているのは、商品別送料、クール便の有無による加算、配送方法ごとの配送可能エリア制御を、できればアプリなしで実現する方法。前提として、多くの配送アプリが上位プラン限定のため、通常プランでの運用可否が論点になっている。
現時点の回答では、
追加案として、クール便の加算額を注文後に個別決定したい場合は、注文時点では送料を固定せず、注文編集でカスタム商品を追加して追加請求する方法も提案された。この場合、クール便指定はバリエーションではなく注文ノート（購入時の備考や属性）でも代用可能とされている。
通常プランでも使える可能性のある配送アプリも1件紹介されたが、最終的な実装方法の確定までは至っていない。
産地から食材を直送するECショップを構築しているのですが、以下の条件をアプリを使わずに実現できるでしょうか？
※ほとんどの配送アプリがAdvancedかShopify plusのプランでなくてはならないため
1.商品ごとに送料（産地からの発送になるため、配送先によって送料が変わる）を設定できる
2.クール便の有無の選択をユーザーができるようにし、クール便にする場合は任意の額の送料を加算する。
3.空輸商品の場合配送は関東(茨城県、栃木県、群馬県、埼玉県、千葉県、神奈川県、東京都、山梨県)に限定する。陸送の場合は全国。
こちらのアプリは通常プランでも使えるはずなのでお試しください。
https://apps.shopify.com/customship?locale=ja
１と３は、配送プロファイルをそれぞれ作って配送先を都道府県単位で設定すればアプリなしで可能かと思います。
２は、オプションの部分をどうするかによりますが、１つの商品にクール便あり、クール便なしをバリエーションとして登録すれば、配送プロファイルで別々に設定できます。
ただし、「任意の額」をどこで設定するかですが、決済時は送料が決まらず後でマーチャントで決めるのであれば、クール便の送料はあえて設定せず、注文後にクール便指定の注文を編集して、送料としてカスタム商品を追加して、請求メールから購入者に追加料金をもらうでもいいかもしれません（この場合、クール便はバリエーションにしなくても以下に書いてあるような注文ノートで十分かと）