CSVでの編集はだめだったでしょうか？
https://help.shopify.com/ja/manual/products/import-export/using-csv
CSVでの作業で対応可能なら、一例ですがExcelify( https://apps.shopify.com/excel-export-import?locale=ja / 今後Matrixifyという名称に変わるそうです)であれば以下のヘルプにコレクションに属する商品だけをエクスポートできるとありますので、作業的にも効率がよいように思います。
https://excelify.io/whats-new/filter-products-export-by-collection/