Shopify App の開発・運営をしています。
現状 Shopify App がアンインストールされ、GDPR の削除リクエストが来るまで、ストアに関するデータを保持する設計にしてはいますが、再インストール時にデータを復帰するための実装コストが少なくないため、アンインストール直後にストアに関するデータを全て削除する設計を検討しています。
Ref: https://shopify.dev/tutorials/uninstall-an-app-with-an-api-call
Uninstalling an application also performs various cleanup tasks within Shopify. This includes deleting any registered webhooks, script tags, and admin links. If an app is uninstalled during key rotation, then both the old and new access tokens will become unusable.
アプリの開発者側に判断は委ねられると思うのですが、もしデファクトスタンダードな設計があれば教えていただけたらと思います。