私自身はGTMを利用していないため、
ネット上の記事を参考にしながらの回答になるのですが、
(おそらく質問者様もすでにご覧になっている記事ばかりだと思いますが、)
参考:
https://pafit.cc/blog/shopify/gtm/900/
https://shopify-guide.net/how-to-set-google-tag-manager-on-shopify/
https://ichyaku.com/google-tag-manager/
https://www.s-bokan.com/blog/post-21158/
・オンラインストアのテーマ の theme.liquidににGTMのコードをそれぞれ挿入
・設定『チェックアウト』の注文状況ページの空白欄にGTMの用のコードを2つ挿入
上記方法で問題ないでしょうか？
問題ないかと思います。
一部の記事で、注文状況ページの追加スクリプトには、
用のコードだけを貼るように記載がありますが、
それは、用のタグは、
つまりJavaScriptが無効なブラウザのための記述であり、
JavaScriptを無効にしている方が少ないため、
外しても問題ないという判断なのではないかと思います。
(逆に、あっても問題ないかと思います。)
参考: https://www.getelevar.com/how-to/google-tag-manager-shopify/
GTMを利用する場合のFacebookピクセルの設定は以下のどちらが推奨されますでしょうか？
①GTM内にFacebookピクセルのコンテナ作成 (オンラインストアでは未登録の状態)
②GTMにはいれずshopifyのオンラインストア各種設定で登録
https://pafit.cc/blog/shopify/gtm/1048/
こちらの記事を拝見しますと、
GTMにFacebookピクセルを設置しての計測ができるように見えますので、
質問者様のご理解通り、①でも②でも、どちらでも問題ないとは思いますが、
GTMのメリットの1つである「計測タグの一元管理」を考慮しますと、
あくまで、一意見でしかないのですが、
GTMにFacebookピクセルを設置するのが良いように思います。
もちろん、「オンラインストア > 各種設定」から設定することが、
Shopify側からの推奨にはなると思うのですが、
「オンラインストア > 各種設定」から設定したとしても、
不具合があった時に、しっかりShopifyサポートが対応してくれるかというと、
3rd Partyのツールが関わると具体的な対応や回答が少なくなる傾向があるように思うので(個人の感想です)、
Shopifyからのサポートの有無によるメリット/デメリットはあまり考慮しなくても良いかもしれません。
実際にコードカスタマイズでGTMを運用されている方のご意見をお待ちいただくのが一番かとは思いますが、
参考になれば幸いです。
(キュー田辺)