Você possui produtos com variantes? Pergunto, pois, geralmente, quando o lojista não consegue achar a seção Preços facilmente é porque no caso de produtos com variantes, você precisa clicar em cada variante para adicionar a comparação. Veja como aqui nesse vídeo que fiz.
Após fazer isso, conseguiu ativar a comparação de preços? Caso ainda esteja tendo dificuldades, poderia explicar exatamente o que está acontecendo e nos enviar prints do problema?
Se tiver alguma dúvida, deixe um comentário e ficarei feliz em ajudar.