グーグルアナリティクスとshopifyのストア分析(セッション数、ユーザー数)が微妙に違うのですがどちらの方がより正確でしょうか？ご教示いただきたいです。
セッションとユーザーの定義は各サービスごとに違うため、どれが正確かということは判断できないと思います。
Shopifyの方は軽く調べても情報が見つかりませんでしたが、GAに関しましてはある程度の情報は見つかると思いますので調査されることをお勧めします。
https://support.google.com/analytics/answer/12159447?hl=ja
以上ですが、個人的には数値単体ではなく傾向(前月比など)を読み取る手段として用いる方が良いように思います。