配送料の設定について

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以下送料の例です。

通常の配送料¥500円

5000円で送料無料。

特定の商品の配送料は地域によって変動。

（例として送料1000円）

送料無料の条件は無し。

の場合に、購入する商品の合計の金額が5000円未満の場合に、2重で送料がかかってしまいます。何か原因や解決策を教えていただきたいです。