注文を作成するで決済方法を選びたい

現在、決済方法に代引きを設定しております。

注文が入ったら自動で代引き手数料を計算して請求書などに反映するアプリを使用して、代引き時の総支払金額をお客様へ伝えています。

しかし、「注文管理」の「注文を作成する」から注文を作成した場合、決済方法を選ぶところがないので代引き手数料が反映されません。

何かいい方法はありますでしょうか。