質問拝見しました。
こちらに関してはボタン自体は存在するということですので、ボタンの色を以下cssで変更してみてはいかがでしょうか？
.buttonのクラス名{
background:black;
}
おそらくそれで表示されるかと思います。
もし違う物が影響しているのであれば、プレビューリンクいただければ具体的なアドバイスができるかと思います。
ご参考にしていただけますと幸いです。
なにかご質問があれば、お気軽にご相談ください。
お悩み解決できましたら、ベストアンサー、いいねいただけると励みになります。
何卒よろしくお願いします。
株式会社フルバランス
誠にありがとうございます。
確認してみたところ、テーマエディター画面の左、歯車のアイコン 
> 色 > スキーム(色の配色)で変更・編集しようとしましたが、解消されませんでした。
また、チェックアウトボタンについては、カスタマイズ可能な設定はありません との表示が出てしまいました。
上記から、やはり HTMLで編集した影響が出ているのかと思っております。
一度HTMLを削除したのですが現状元に戻らずでして、なんとかして元に戻すか、HTMLの修正か、アプリの導入などで問題解消できないかと探しております。
もし何か、こうしてみると良いなどの案がございましたら、教えて頂けますと幸いです。
