市販のベーステーマをもとにカスタマイズをしてECサイトを制作する予定です。
「カスタムセクション」などを使用すれば、ヘッダーなどを除きある程度はところはベースのコードに手を加えずに、カスタムできるかと思うのですが、ページネーションの取り扱いに関して迷っています。
ページネーションが必要になるのは「お知らせ」や「商品一覧」などのアーカイブ系のページですが、
・ページネーションも含めてカスタムセクションを作成する
・ページネーションはテーマの仕様にのっかる（なのでテーマのお知らせや商品一覧をCssで上書きして作成することになる。）
では、考え方としてどちらがいいのでしょうか。
もし、制作している方などでご教示いただけたら幸いです。
どうぞ、よろしくお願いいたします。
すでに解決されているかもしれませんが、
ご質問いただいている、テーマのページネーションの取り扱いの件ですが、
おすすめとしては、後者になるかと思います。
・ページネーションはテーマの仕様にのっかる（なのでテーマのお知らせや商品一覧をCssで上書きして作成することになる。）
理由としましては、主にテーマのアップデートを行った際、
テーマのコードを編集しているとその部分の仕組みが動かないなどの不具合があるためです。
CSSでの見た目の調整であれば、テーマをアップデートした際に動かないと言うことはあまりなく、
再度CSSで見た目調整を行うことで、作業の労力が少なく対応が可能かと思います。
ご参考まで。
（キュー小坂）
ご返信が遅くなり失礼いたしました。
この度は、ご丁寧にありがとうございました。